Znaną osobliwością podatku od towarów i usług były zawsze niekorzystne zasady kompensowania nadpłat i zaległości. Wystarczyło, że podatnik zbyt wcześnie (lub zbyt późno) odliczył podatek naliczony lub wykazał podatek należny, żeby organ podatkowy naliczył odsetki od zaległości bez kompensowania tej zaległości z nadpłatą, która wystąpiła miesiąc później lub wcześniej. Ostatnio sytuacja zaczyna się poprawiać. Z początkiem 2009 r. weszły w życie korzystne zmiany legislacyjne. Nie mniej ważna może się okazać doktryna, za którą opowiedział się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 25 stycznia 2010 r.